Alajõgi on üks CleanEst projektis käsitletavatest jõgedest, mille seisund vajab parandamist. Alajõgi suubub Peipsi järve ja on tähtis Peipsi järve kalastiku seisukohast. Sinna siirduvad kudema mitmed olulised Peipsi järve kalaliigid nagu latikas, haug, teib.
Alajõe alamjooksul on paisudest säilinud Tamme veski paisu vare, mille eemaldamise ettevalmistus käib. Alajõel keskjooksul on ka mitmeid koprapaisusid, mis on kuni 80 cm kõrged ja takistavad kalade vaba liikumist elupaikade vahel.
Koprapaisud, nagu kõik jõe vaba voolamist takistavad rajatised, tekitavad seisva veega lõikusid, kus veevaesematel aegadel võib vee kvaliteet tunduvalt halveneda. Seetõttu tuleb olulistes jõelõikudes pöörata tähelepanu ka kobraste rajatud paisudele ja teinekord neid ka eemaldada. Alajõe alam- ja keskjooksul on jõge süvendatud ja sirgeks kaevatud, mistõttu mitmed looklevad loodusliku sängi lõigud on jõest eraldatud.
Tulevikus on projekti raames plaanis Alajõe vanajõed praeguse sängiga ühendada, et kaladel oleks võimalus takistuseta kude- ja toitumisaladele pääseda. Praegu on vanajõed kas osaliselt või täielikult eraldatud settevalliga, mis madalama veeseisu korral võib kaotada vaba ühenduse vanajõe ja voolava veega jõesängi vahel. Suurveega on kaladel võimalik küll vanajõgedesse pääseda, kuid vee alanedes võib ühendus katkeda ning lõksu jäänud kalad halvemal juhul hukkuvad.
Kokku võeti maha neli paisu – iga talgulise kohta üks. Aitäh talgulistele!